La questione poi degli interventi edilizi post-medievali è ancora tutta da definire, anche se si hanno delle attestazioni che risalgono al XV secolo, per lavori di consolidamento della struttura. In particolare nel 1479 si procedette al consolidamento dei fianchi; nel 1568 vennero effettuate opere di manutenzione straordinaria alla pericolante struttura. Ciò lo si desume da una nota di spesa occorsa nel loco Sant’Egidio di Fontanella riferentesi alla chiesa e cascine circostanti; mentre un’altra nota del 1604 precisa:
… Un maestro Mingarino Alberto, muratore, promette et si obbliga di accomodare et ristaurare la chiesa parrocchiale di Sant’Egidio ...
tra queste opere:
1. Che detto maestro riduca tutto il tetto ad un filo solo, ben coperto di tavoloni e coppi sopra (da qui la sostituzione del tetto a salienti con una copertura a due spioventi, del tipo a capanna, e la conseguente modifica della facciata);
2. che dalla parte di mezzogiorno sarà tre finestre recipiente e tre altre nella
facciata verso ponente (da qui l’apertura di due grandi finestre rettangolari nella parte mediana della facciata e di altre finestrelle sul fianco destro, lungo la parte della navata centrale e l’otturazione di alcune feritoie);
3.. Che debba ordinare tutti i legnami che bisognano in detta fabbrica così di rigare come di squadrare
A conferma delle opere effettuate nel 1618 ci sono due lettere del 1613 e del 14 settembre 1619. Quest’ultima, in particolare, accenna a … riparatione sola della Chiesa et campanile in qualche parte … (sono state riparate forse le volte del campanile).
Nel 1631 il Lucatelli da Venezia, nella sua Relatione propone che la torre sia alzata affinchè le due campane siano sentite di più; precisa inoltre che… Ha bisogno la chiesa di finestre più ampie per luce, aria, umidità …e infine si lamenta del pavimento rotto. (Da qui la successiva opera di ricostruzione del pavimento posto a circa 15 cm più in alto di quello esistente).
Di questi anni deve essere anche la costruzione della sacrestia perticata addossata al lato settentrionale della chiesa e l’edificazione sul sagrato della cappella a ricordo dei morti della peste.
Nel 1663, altra relazione del muratore Pedrota di Pontida, rileva la necessità di ...restaurare tetto e campanile tutto rotto …
In quell’epoca la chiesa aveva sei altari e, nel 1668, i Giovanelli ne diventano proprietari.