Restauri architettonici
Nella fase più antica la chiesa era a navata unica con presbiterio triabsidato e transetto sporgente, una tipologia diffusa tra le chiese benedettine dell’XI e XII secolo, specialmente tra quelle che erano semplici dipendenze da altri monasteri, come S. Benedetto in Portesana per restare in area lombarda, S. Maria sul monte Misma, recentemente avvicinata al mondo cluniacense, e S. Maria in Argon, dipendenza dell’antico monastero di S. Paolo. Di questa fase restano attualmente la zona absidale, decorata da archetti pensili, il transetto non più aggettante e un tempo coperto con tetto a doppio spiovente, come testimoniano l’andamento degli archetti e il diverso tessuto murario della sopraelevazione di forma triangolare nelle facce settentrionale e meridionale dei suoi due corpi esterni. All’interno i muri di separazione tra le campate laterali del presbiterio e il transetto presentano una decorazione ad archetti pensili, chiusa tra due lesene laterali, analoga a quella esterna e tipica appunto di murature esterne, quali dovevano essere queste secondo la pianta originaria ipotizzata. All’incrocio tra il transetto e l’unica navata doveva alzarsi un tiburio quadrangolare, considerando il notevole spessore di muro tra le volte antistanti l’abside centrale e il tetto, alle aperture del quale potrebbero appartenere sei piccoli capitelli superstiti, tre inseriti sul lato esterno della parete sud e tre ancorati ai colonnati e ai muri interni. Tra questa fase, datata 1080, e la seconda fase individuata dal Porter, datata 1130, si ipotizza anche la costruzione di un chiostrino, privo di portici ma dotato di tutti gli ambienti tipici della vita monastica (capitolo e dormitorio soprastante a est, camminata e refettorio a sud, cucina e cellario a ovest), sulla base dell’analisi del tessuto murario calcare bianco in conci di forma piccola e rozza nella prima fase, arenaria bruna che alterna corsi di lastre e conci più tozzi, intercalati da letti di malta piuttosto spessi nella seconda, arenaria grigia in grossi blocchi ben squadrati e ben connessi nella terza.
La fase intermedia è attestata nella muratura della fiancata meridionale della chiesa, analoga a quella che la fronteggia nel cortiletto adiacente, una delle parti più antiche del complesso monastico. Alla terza fase si devono la pianta attuale a tre navate con transetto non sporgente, analoga a quella di S. Salvatore a Capodiponte e S. Giovanni di Vertemate, la copertura a capriate nelle navate e la torre all’incrocio, probabilmente più bassa di quella attuale.